For hver art i Artsbogen nævnes en ”Dansk reference”, der angiver forekomsten af pågældende art i Danmark. En reference kan være et bogværk, et tidsskrift, et website, et upubliceret dokument eller en personlig meddelelse.

Det er ikke nødvendigvis den første eller "bedste" reference, der angives, men det tilstræbes at benytte f.eks. et autoritativt bogværk frem for en personlig meddelelse, så bl.a. derfor vil der af og til ske ændringer i den angivne reference.

Referencer til dokumentation af arters forekomst i Danmark optræder i mange former, f.eks. bøger, artikler eller upublicerede regneark.

Dansk reference angives som udgangspunkt kun for arter og underliggende taxa (underarter, varieteter og former). I tilfælde, hvor højere niveauer i Taxonbasen ikke rummer underliggende taxa, f.eks. en slægt, der kun er kendt fra fund bestemt til slægtsniveau, vil der dog være angivet en reference for disse.

Også for ikke-danske arter angives der en reference, så man f.eks. kan finde frem til, hvorfor en art ikke regnes for dansk. Det kan f.eks. være på grundlag af et fund, der har vist sig at være fejlbestemt eller et usikkert fund, der endnu ikke er afklaret.